Dentre suas maiores glórias no futebol, destacam-se as conquistas da Copa Intercontinental[nota 1] (único time carioca a ter conquistado um título de dimensão mundial reconhecido pela FIFA[1]) e das Copas Libertadores da América de 1981[nota 2] e de 2019 (único time carioca a ter conquistado por duas vezes a competição), além de uma Copa Mercosul e uma Copa Ouro Sul-Americana. A nível nacional o Flamengo é, por decisão judicial, e em seguida, pela CBF, oficialmente detentor de seis títulos do Campeonato Brasileiro (1980, 1982, 1983, 1992, 2009 e 2019) — o clube ainda reivindica o reconhecimento da conquista da Copa União de 1987 como título brasileiro[nota 3] (torneio idealizado pelo Clube dos 13 para ser o Campeonato Brasileiro de 1987, mas que de acordo com os regulamentos da CBF à época tratou-se apenas do Módulo Verde do Campeonato Brasileiro de 1987. Porém, em 24 de novembro de 2019, quando o Flamengo ganhou o Campeonato Brasileiro daquele ano, a entidade pôs, em seu site oficial, o título da Copa União na lista de conquistas do clube carioca, mas diferenciando os títulos em "Brasileiro" e "Copa União".[6] No dia seguinte, a CBF informou que acata a decisão do Supremo Tribunal Federal de que o Sport é o único campeão brasileiro de 1987 e, por isso, considera oficialmente o Flamengo como hexacampeão brasileiro — e não hepta.[7][8] Mas, em uma nota enviada a imprensa, a entidade informou que, "a título de opinião, sob o ponto de vista esportivo, o Flamengo é merecedor da designação de heptacampeão brasileiro".[9][10]) —, três títulos da Copa do Brasil, uma Copa dos Campeões, um Torneio Rio-São Paulo, uma Taça dos Campeões Estaduais Rio–São Paulo e trinta e cinco títulos do Campeonato Carioca, sendo o maior vencedor da competição estadual.
Nota.^ Depois de diversos anos de brigas judiciais sobre quem era de fato o campeão daquela edição do Campeonato Brasileiro, o Supremo Tribunal Federal (STF) em ação transitada em julgado, em março de 2018, definiu o Sport como legítimo campeão de 1987.[14] Porém, a CBF sempre defendeu a divisão do título, pelo menos a partir de 2011, quando em uma resolução publicada pelo então presidente, Ricardo Teixeira que disse: "foi passado a limpo o futebol brasileiro" e que "queria homenagear todos os jogadores da campanha de 87 e o técnico Carlinhos. Vocês são agora os legítimos campeões de 87, e o Flamengo tem de direito seis títulos (na época) de campeão brasileiro."[15][16] Em 2015, novamente dividiu o titulo em seu guia oficial, antes em 2012, alegou "erro no material enviado à gráfica".[17] E em 2019, após a conquista do Campeonato Brasileiro pelo Flamengo, a CBF em nota publicada a imprensa disse que acatava a decisão do STF e reconhecia oficialmente o Sport como único campeão brasileiro de 1987, mas "sob o ponto de vista esportivo, o Flamengo é merecedor da designação de heptacampeão brasileiro" (reconhecendo assim, de forma não oficial, o título de 1987 do Flamengo). Tal publicação foi apenas "a título de opinião", não sendo uma resolução oficial de reconhecimento, segundo a entidade, que mostrava assim que não concordava com a decisão judicial de definir o Sport como único campeão daquela edição.[7][8][9][10]
↑A equipe campeã da Libertadores e da Intercontinental contava com nomes como Júnior, Adílio, Tita e Zico, considerado o maior ídolo da história do clube, além do técnico Paulo César Carpegiani.[2]
↑Em 1987, a CBF passava por uma grave crise financeira e anunciou que não poderia organizar o Campeonato Brasileiro nos mesmos moldes. Como resultado, os treze grandes clubes do Brasil fundaram o Clube dos 13 para organizaram seu próprio campeonato chamado de Copa União. Vendo o sucesso que o novo torneio já demonstrava ter, a CBF decidiu que o campeão e vice-campeão da Copa União (Troféu João Havelange/Módulo Verde) enfrentaria o campeão e o vice-campeão do Troféu Roberto Gomes Pedrosa (Módulo Amarelo — que foi disputado por equipes mais modestas) em um quadrangular. O Clube dos 13 não aceitou o regulamento e não permitiu que Flamengo e Internacional (campeão e vice-campeão da Copa União) jogassem o quadrangular. O Flamengo ganhou a Copa União, que foi disputada pelos maiores clubes do Brasil,[3] sendo reconhecida pelo Clube dos 13 e pelo Conselho Nacional de Desportos (CND), contrariando a resolução do CND e a maioria dos juízes do Superior Tribunal de Justiça Desportiva (STJD) em 1988, que na época eram as maiores instâncias do futebol nacional e mais tarde, em 2011, pela CBF que eventualmente revogou a decisão por uma decisão judicial. Note-se que, para CBF, o Flamengo é considerado, de forma não oficial, ao lado de Sport, campeão brasileiro de 1987, como demonstrado em 2011, não podendo homologá-lo por conta da decisão final do Supremo Tribunal Federal (STF).[4][5]